у pymssql есть проблемы с русской кодировкой(а может и с остальными), особенно хорошо это видно на эксепшионах, они в виде байтов возвращаются.
попробуйте в запрос передавать так: ... set fio = N'Иванов Иван Иванович' ...
вариант - сделать параметризованный запрос
другой вариант - перейти на pyodbc, там такой проблемы нет, и intelliscence нормально работает