Сергей

Попробуйте в open_basedir указать сначала один путь(как было в оригинале), а потом через двоеточие указать путь ко второму сайту, на втором аналогично

Согласно https://tech.yandex.ru/disk/doc/dg/concepts/api-me... нужно использовать DELETE и MKCOL для удаления/создания каталога соответственно