По пунктам 1, 2 могу рекомендовать redmine.
Гибкий в настройке трекер, необходимый функционал добивается плагинами.
По пункту 3 мы использовали reviewboard, но он не интегрируется redmine.
Для redmine есть code review плагин, сам не пользовался.
Попробуйте обкатать его, на сегодняшний день это одно из наиболее функциональных решений.
