Да, можно. Передайте ему параметр при инициализации. Целое число, подразумеваются пиксели.
$('.smth').ckeditor({height: 500});
Естественно, можно указать в конфигурации.
100% указать не получится, нужно JS подсчитать нужную высоту. Например
var editor_height = $('document').height() - $('.menu').height();
$('.smth').ckeditor({height: editor_height});