Грамотно ли создать 1 БД для хранения всех заметок и одну БД для хранения всех пользователей, связав их между собой по id?
При определенных требованиях - да, это будет грамотно. Грамотно может быть даже разбить разные аккаунты в разные базы. Но раз ты задаешься подобным вопросом без деталей, которые могут быть важны для data-intensive applications - нет, храни все в одной базе, в разных таблицах.
Написано
Войдите на сайт
Чтобы задать вопрос и получить на него квалифицированный ответ.