Через prompt получаем строку, поэтому и сортировка такая. 1 = 1, 9 > 4, так что 19 будет больше хоть 1489045769845
И вместо "+" лучше использовать более явное Number()
Добавляется в массив сгенерированное в цикле число от 10 до 99 с каждой итерацией
Эквивалентно записи:
a_n_.push(a_i_)
С таким неймингом переменных трудно понимать, конечно, нужно какие-то осмысленные имена давать, будет яснее