Synfig (
www.synfig.org/) такое умеет. Вот урок по скелетной анимации:
www.youtube.com/watch?v=FX8rgPJ38AI
Еще можно использовать 3D пакет для анимации, Blender, например. Примеры анимациии:
www.youtube.com/watch?v=20i4S3tc6m0
www.youtube.com/watch?v=yyLQFZppGmo
www.youtube.com/watch?v=leAL32Jbo5Y
https://vimeo.com/45805749
Но если опыта нет, то трехмер сложноват для начала.
