cronfy

А в чем конкретно проблема? nginx и apache на разные порты повесили? Они запустились? Сайты на каждом из них настроили? Тогда все должно работать.

P. S. Это не связка, это два изолированных сервиса. Друг на друга они никак влиять не будут.

.htaccess не поможет. Он умеет перенаправлять только внутри DocumentRoot. Выход наружу через ../ правилами .htaccess невозможен.

Так что остается только править VirtualHost, если есть доступ. Или, как посоветовали выше — симлинки или фейковый index.php.