как то тоже задумывался о том, как наверняка безопасно очистить диск и засетапится заново.
для себя определил идеальный вариант - загрузится с какого то Live CD (выбрал этот вариант т.к. заразить его невозможно), форматнуть диск и уже потом инсталить систему.
