Вам надо смотреть не на виртуальную машину под Виндой, а на другие сервера и их использование IO. В proxmox выполните iotop и поймете какая виртуалка грузит, если это "обнаглевшая ВМ", то ограничьте ей потребление диска или перенесите на другой диск.
У меня на боевых виртуалках с не SSD дисками IO по графику в proxmox не поднимается выше 300 К, при бекапах выше 1,5 М.
