Я делаю так:
- переношу файлы в нужную директорию
- изменяю домен в БД на новый, закидываю *.sql на хост
- прогоняю через
Fix-Serialization
чтобы сериализованные данные восстановились
- заливаю *.sql в БД.
Все операции выше легко выполняются через SSH.