Даже не знаю как вам намекнуть, чтобы вы не обиделись. В вашем вопросе нет ничего такого, что не стало бы очевидным, прочти вы хотя бы минимальный объем мануалов по администрированию MySQL. Более того, в тексте, который вы привели содержатся указания на необходимые изменения. Причем, так указаны как переменные, так и рекомендуемые значения. Любой совет тут будет «капитанским», например «посмотрите какие запросы у вас идут мимо индексов (log-slow-queries = /var/log/mysqld-slow-query.log) и проставьте индексы по нужным полям (Adjust your join queries to always utilize indexes).
