Кажется что где-то в functions.php или в каком-нибудь плагине идет переопределение запроса через хук
pre_get_posts.
1. Поищи в шаблоне функции, которые могли бы переопределить запрос.
2. Отключи все плагины и посмотри изменится ли от этого выдача на страницах пагинации.
