Evgeniy Ivanov

Вопрос из разряда: моя машина ездит на бензине, не заправлять же её из-за этого.

Есть три уровня абстракции представления данных из бд на пхп:

1. уровень бд;
2. уровень соединения;
3. пхп.

Если на всех трех кодировка совпадает - всё будет хорошо.

Загвоздка в индексах. Проанализируйте бд, пропишите нужные индексы, плюс верно укажите типы столбцов в таблицах. И будет счастье...

Без индексов далеко не уедешь...

Профилирование плагином Sql Query. Он покажет в чем дело и Вы сможете это исправить.