Алексей: Второй вариант нормальный, только нужно разрешить не любые домены, а поддомены по маске *.site.com, на уровне PHP приложения уже проверять есть ли в базе такой поддомен. Но как в этих условиях еще и добавить поддержку личных доменов клиента пока не понимаю, то есть у него два варианта должно быть использования по прямому поддомену и по личному (который привязан к поддомену).