Используйте систему контроля версий базы данных, например,
liquibase. Скрипты diff дают очень ненадежный результат, так как они сравнивают разницу между конечным и начальным результатом и не имеют возможности узнать что было посередине. К примеру если вы переименовали таблицу, может быть сгенерирован код drop table + create table вместо rename.