Опция -F означает брать сообщение о коммите из указанного файла. Т.е. скорее всего дело обстоит так:
1) Вы нажимаете кнопочку "Commit" в Qt Creator
2) Qt Creator показывает вам диалоговое окно, в котором вы вводите сообщение о коммите
3) При нажатии на "Commit" в диалоговом окне, Qt Creator создает временный файл с вашим сообщением и запускает вышеуказанную git-команду.
4) Гит выполняет коммит.
