Предположение по поводу zfs очень похоже на правду. По ночам идет большая нагрузка на диски, делается резервное копирование внутри VM и в этот момент хост перезагружается.
самая явная проблема это перезагрузки
~# last reboot
reboot system boot 4.4.19-1-pve Thu Jun 22 02:06 - 10:03 (07:56)
reboot system boot 4.4.19-1-pve Tue Jun 20 02:05 - 10:03 (2+07:57)
reboot system boot 4.4.19-1-pve Sun Jun 18 05:42 - 10:03 (4+04:21)
reboot system boot 4.4.19-1-pve Sat Jun 17 19:18 - 10:03 (4+14:44)
reboot system boot 4.4.19-1-pve Sat Jun 17 03:32 - 10:03 (5+06:30)
reboot system boot 4.4.19-1-pve Fri Jun 16 00:40 - 10:03 (6+09:23)
reboot system boot 4.4.19-1-pve Thu Jun 15 02:48 - 10:03 (7+07:15)
reboot system boot 4.4.19-1-pve Wed Jun 14 00:15 - 10:03 (8+09:48)
reboot system boot 4.4.19-1-pve Tue Jun 13 15:54 - 10:03 (8+18:09)
reboot system boot 4.4.19-1-pve Sat Jun 10 00:34 - 10:03 (12+09:29)
reboot system boot 4.4.19-1-pve Fri Jun 9 16:50 - 10:03 (12+17:13)
reboot system boot 4.4.19-1-pve Mon Jun 5 14:17 - 10:03 (16+19:45)
Сейчас каждую ночь перезагружается....
по процессору загрузки нет.
На виртуальных машинах диски подключены через virtio без кэша.