Если задались целью оптимизации, то можно проанализировать, какие типовые запросы из приложения уходят в БД и построить минимально необходимые индексы. EXPLAIN вам в помощь.
Если есть желание немного изучить инструмент, то включите лог медленных запросов и оптимизируйте. В этом случае или запросы меняйте на типовые, для которых уже есть индексы, или новые индексы стройте.