Отвечаю как представитель разработчика CRM-системы
1. если планируете разрабатывать под конкретного заказчика - то проведите аналитику бизнес-процессов, напишите и согласуйте ТЗ и вперед. Здесь может быть любой сценарий: и склад, и дебиторка, и документооборот, и...
2. если речь о массовом продукте, то определите целевую аудиторию, пообщайтесь с представителями этой аудитории, поймите что им нужно. Здесь также от и до.
Если пользователи продвинутые, то им без разницы веб это решение, или десктоп.
Каждый понимает CRM как ему нужно. Нет универсального решения. Но, есть базовые вещи - база компаний и контактов, планирование звонков, встреч и т.д., учет сделок. Если сделок в компании не много - то используется ручной ввод данных, если сделок много - то проводится интеграция с внешними базами, чаще с 1С.