var ntfc1 = new Notification({
message: 'This is just a simple notice',
type: 'notice',
elements: {}
});
Поосторожней с прототипами. В прототипы помимо функций выносят только статику, но никак не динамические значения, разве, что счетчики, но это очень узко применимый и редкий кейс.
В итоге сколько экземпляров вы не создадите, во всех будет один и тот же объект this.opions со свойством link переопределенным в конструкторе последнего экземпляра.
elements : {}