Если правильно понял Вас то в отладчике ощибки Failed to load resource: the server responded with a status of 500 (Internal Server Error)
jquery-1.12.4.min.js:3 Uncaught SyntaxError: Invalid or unexpected token
swiper.min.js:12 Uncaught SyntaxError: Invalid or unexpected token
(index):894 Uncaught ReferenceError: Swiper is not defined
at (index):894
bootstrap.min.js:7 Uncaught SyntaxError: Invalid or unexpected token
plugins.js:31 Uncaught SyntaxError: Invalid or unexpected token
icheck.min.js:6 Uncaught TypeError: Cannot read property 'fn' of undefined
at icheck.min.js:6
at icheck.min.js:11
(index):1378 Uncaught ReferenceError: jQuery is not defined
at (index):1378
stylesheet.css:1 Failed to load resource: the server responded with a status of 500 (Internal Server Error)
Виктор Таран, А вот с этим кодом сайт работает и ссылки все рабочие но javascript не срабатывает. RewriteEngine on
RewriteBase /
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} -s [OR]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} -l [OR]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} -d
RewriteRule ^.*$ - [NC,L]
RewriteRule ^.*$ index.php [NC,L]