_chrome_

что за виртуалки будут крутится? Не БД случаем?

LVM, раздел "Увеличение размера логического тома".

P.S. Папка - это то же, что "отец", только менее формально, а также такая фиговина для хранения бумажек.

RAID6 большая потеря производительности, я бы выбрал RAID5, если проект бюджетный и нет средств на RAID10

man apt-get
autoremove
autoremove is used to remove packages that were automatically
installed to satisfy dependencies for some package and that are no
more needed.

Действует на основании зависимостей. Если пакет ставился по зависимостям от другого, который уже удален, то программа помечает его доступным для autoremove. Примерно то е самое происходит со старыми ядрами. N версий считаются актуальными, остальные (более старые) подлежат удалению.

Переставьте xen server и восстановите виртуалки с бекапа.
С вашими методами лечения в комментариях, без логов глупость полная.