Подумайте, относительно чего у Вас идет позиционирование шариков, относительно елки или страницы?
Правильно, относительно документа/
Во-первых, блок animated должен находится внутрика блока tree, а чтобы шарики позиционировались относительно елки, #tree надо задать position: relative;
https://jsfiddle.net/u33vou5o/ 
