Этот вопрос мучает всех разработчиков ОК. На закрытие окна через "крестик" не происходит пересылки сообщения внутрь фрейма приложения.
Варианты:
1) через проверку на стороне сервера по таймаут
2) использовать websockets и получать нотификацию с серверной стороны.