попробуйте дать пользователю, под которым соединяетесь, права на чтение и запись каталога вашего сайта (можно просто командой chown сделать его владельцем). Для проверки зайдите на сервер по ssh под нужным пользователем и попробуйте прочитать / записать файлы сайта. Если увидите ошибку прав доступа, значит проблема именно в правах. Не забудьте о правах на чтение для всех каталогов, которые выше в иерархии чем каталог с сайтом.
На крайняк можно просто использовать root как пользователя в NetBeans, но это, очевидно, плохая практика.
