Решение зависит от операционной системы.
Если вы под windows - возьмите winscp. Заодно не надо будет в FZ прописывать файловые ассоциации, все и так подтянется.
Если в Linux - FTP или SSH соединение можно прописать прямо в файловом менеджере и вообще не использовать FileZilla.