Использую в работе следующий вариант:
- новая база всегда совместима с предыдущей версией кода (то есть обратная совместимость 1 на выкладку железно сохраняется — и если код придется откатить на старый, то с новой базой он будет работать корректно). на деле это выглядит так: если надо удалить какое-то поле в БД в выкладке N, то поле будет удалено только при выкладке N+1
- изменения в структуре БД от версии к версии сохраняются в файлах sql/alter/n.sql. выполненные изменения переносятся в /sql/alter/done. файлы нумеруются по-порядку, каждый разработчик создаем себе новый, чтобы измежать конфликтом при merge
В итоге при выкатке нового кода мы сперва выполняем alter'ы, потом выливаем код. В случае, если в коде есть ошибки — старый код гарантировано работает с новой базой.