1) Если вы работаете с гитом, то непонятно зачем вам делать копию файлов (бэкапы бд вообще стоит делать и без этих причин).
3) опять же зачем их помечать гит же всё делает и при необходимости вы можете откатиться на предыдущую версию или вы что-то другое имеете ввиду?
4) обычно на такое время просто пишут идут технические работы и в это время тестят прод.
Честно говоря у меня такое ощущение, что вы знаете что такое гитхаб, но не знаете, что такое гит.
upd: Вот пример коммита красным помечены удаленные строки, зелёным помечены добавленный строки
https://github.com/PHPOffice/PhpSpreadsheet/commit...