Андрей

Можно еще find попробовать, быстрее чем просто cp работает:
find path/ -type f -exec cp path/{} pathto/ \;
механизм следующий:
ищутся файлы в искомом каталоге, для каждого найденного файла выполняется команда копирования cp path/*.* pathto/*.*

забекапить папку chroot-а named, особенно каталоги:
etc/ - там должен быть файл конфигов named.conf
var/named/ - там все зоны сервера.
Это для linux, с freebsd не работал, не скажу точно.
на новом сервере развернуть бекап.

Странно, однако..))
Вообще то все последние установщики ubuntu точно распознают разделы windows и предлагают различные варианты установки (рядом с win, на свободное место, и др..)
в свое время я первоначально ставил windows, а уже потом ubuntu.