на сервере БД делать архивы по расписанию (cron) с сохранением архива в каталоге, далее запускается скрипт, который подключается на сервер по ftp и смотрит файлы, далее они проверяются по условию. в зависимости от этого они либо удаляются, либо, просто заливается текущий архив.
все.
если есть желание, могу более подробно объяснить.