варианты:
1. взять gsm-шлюз имеющий фичу забрасывать входящие SMS http-запросом на сторонний сервер, а на сервере уже ловите скриптом и кладете куда удобно
2. взять gsm-плату под Asterisk, и тогда SMS появляются сразу в контексте/экстеншене диалплана, а там Bash-строкой запихнуть SMS куда нужно локально либо удаленно, либо просто читать локальную SQLite где SMS будут появляться автоматически по приходу
разумеется, оба варианта предполагают установу в зоне покрытия сети