Постгрес и вроде даже мускуль умеют jsonb поля, так что новую базу ставить не надо.
во втором сталкиваемся с необходимостью ручного обеспечения целостности данных.
В этом нет ничего плохого, база в воздухе никому не нужна, она всегда взаимодействует с приложением и разработчику решать где и какой код хранить. Просто напишите больше тестов на такой код, чтобы быть уверенным в его надежности.
P.S. исходя из опыта решения такой задачи могу еще подсказать, что Вам нужно хранить не только значения, но и данные конструктора, т.е какого типа поле, какие на нем валидации, возможные значения и так далее. Делать это лучше в реляционной модели, она идеально для этого подходит.
