Выделяете объект цвета который нужно поменять.
Меню "Select" -> "Same" -> "Fill color"
Выделяться все объекты аналогичного цвета. Далее перекрашиваете. И так со всеми цветами которые нужно поменять.
Если иллюстрация "неаккуратна", цвета не совпадают 100%, имеются погрешности - используйте "Magic Wand Tool" - настройте толерантность, прочие параметры и выделяйте
