https://linuxmint.com/rel_sarah_cinnamon.php :
Linux Mint 18 is based on Ubuntu 16.04.
Ubuntu 15.04 (using Systemd by default)
Как у вас вообще rc.local работает? Политики systemd достаточно простые и легко нагугливаются, почистите ваши ручные инструкции в rc.* и настройте в человеческом systemd, то что вы тут описали даже не пахнет проблемой
