brunot

xargs rm < список.txt
P.S. Прежде, чем выполнять, незабудьте перейти в каталог, в котором находится каталог uploads или же список должен состоять из абсолютных путей к файлам.

Какие-то неправильные у вас пчёлы, $arr=explode(NL,file_get_contents($file)); - это плохо для любого языка, не только php, читать весь файл в память.
Вот тут есть пример для перемешивания файла, без его полной загрузки, с использованием позиций строк.