Проследи какой именно файл он релоадит, к примеру если ты пишешь .pipe(browserSync.reload({stream: true})) именно после минифицированного css то он и обновит этот файл, а подключен к примеру обычный css. Активируй его после того как сделаешь все манипуляции с css (добавил префиксы и т.д) и перед тем как кинуть в нужную папку.
