brar

1. Проблема с местом на дисках. Например, non-hidden контейнер переполнился заехал на скрытый контейнер.
2. Скрытый контейнер переполнился и покоцался.
По сути решения всего два:
1. Примонтировать скрытый контейнер и ковырять его тулзами для восстановления дисков/данных (r.saver, victoria, куча их).
2. Если делали регулярные бэкапы контейнера, восстановить его из бэкапа.
Предварительно перед этими действиями сделать бэкап контейнеров, естественно.

Сам последнюю неделю озадачился похожим вопросом. Сначала отвечу на последний абзац: Шифрование происходит на устройствах, оно и называется end-to-end, сервер не учавствует в шифровании, и именно поэтому OTR, например, не позволяет общаться группой.
ChatSecure для андроида позволяет передавать файлы. Правда, интерфейс у него, конечно, аскетичный, магко говоря. Но он полностью удовлетворяет Вашим требованиям по функционалу.