Когда вы даёте блоку .header класс fixed, вы выдираете его из контекста, в результате чего вместо него появляется пустое место, из-за которого происходит проскакивание, которое, кажется, и воспринимается как мелькание. Надо как-то так jsfiddle.net/br3t/DLP9Z
Есть статья с обзором конвертеров, попробуйте какой-то из них, если не пробовали: habrahabr.ru/company/webfont/blog/217949
Иногда такая проблема бывает, если шрифт платный. Тогда просто попросите у того, у кого вы его покупали, остальные форматы шрифта. Если шрифт бесплатный - тогда гуглите другие форматы.
Для честной перспективы есть perspective (jsfiddle.net/YJ5Cj/), но там не всё ясно с поддержкой.
Не совсем честную перспективу можно сэмулировать CSS-трансформациями skew+rotate
Попробуйте такой вариант jsfiddle.net/br3t/CvG74 (надо убедиться, что диаграммы обновляются)
Если у вас есть доступ к этому документу - там точно в настройках диарграмм есть адрес для вставки на сторонние ресурсы, можете поробовать его поискать, если это не то же самое, что в предыдущем абзаце
Вам нужно, чтобы преобразование происходило безусловно, или только если получается какая-то фигня?
Если первое — то лучше на стороне клиента, копайте в сторону onkeydown с определением кодов нажатых клавиш. Если второе — отправлять на сервер запрос как есть, при необнаружении резалтов делать поиск транслитом
