А чем вам handlebars плох, что вы ищите ему лучшую альтернативу? Что значит лучший?
Лучший в чем? Если он отлично выполняет поставленную задачу и удобен в использовании, тогда зачем вам новый, "трендовый"? Что за глупая идея следовать трендам?
А чем твоя структура папок плоха? Чем сейчас всё, не на своих местах? Используешь препроцессоры? Да пожалуйста, точно так же ложи их в папку css. Но опять же, я не до конца понимаю, зачем тебе препроцессоры, если на выходе ты получишь css файл?
Есть такой кусочек контента:
Include in Your HTML
Running the gulp build tools will compile CSS and Javascript for use in your project. Just link to these files in your HTML.
