В mysql есть репликация серверов. Первый мастер сервер - в нем таблицы шаг1, шаг 2, шаг3. Настраиваете репликацию на готовую таблицу (3 шаг ), и на втором mysql сервере у вас будут только обработанные данные. Потом можно удалить первую базу. и на первой отключить репликацию