Пробовал подписывать файл при помощи cryptcp, подписывает гостом 2001 года, pdf файл после не открывается, а во втором случае подпись получается не встроенная в файл,
Пробовал при помощи csptestf, файл на выходе получился чуть больше весом, чем исходный но ADOBE ACROBAT подпись никакую не видит.
Потому что получается просто подпись файла в формате PKCS7 или "голая".
Для подписи PDF можно попробовать использовать
КриптоПро .NET, но я не знаю насколько она хорошо работает (и работает ли) под Linux.