1. Сервер 1С под linux или windows?
2. Как собрались обмениваться со сторонним сервером:
- http
- soap
- обмен файлами?
3. Сколько сертификатов и какие у них расширения?
Да, на Harvest надо регистрироваться. Там же можно будет смотреть отчеты по отработанному времени в разрезе проектов/задач.
Есть возможность использовать бесплатный аккаунт, но с ограничениями.