1. Можно попробовать триггеры с вашей специфической логикой: создаёте триггер на insert/update в таблицу, а внутри него крутите любую бизнес-логику. Если СУБД развернута на более-менее приличных серверах, то 1-10 млн. операций в сутки пройдет без перенапряжения.
2. Делать работу в коде - открыли транзакцию, и на вашем ЯП читаете/вставляете/обновляете записи в БД, по окончании завершаете транзакцию. Нагрузка чуть больше, чем в п.п. 1, но при грамотном "общении" с СУБД тоже не так уж и велика.
3. Разбираетесь, почему у вас дубликаты в БД, читаете мануалы по нормализации данных в СУБД, просите проанализировать структуру спецов. После один раз напрягаетесь чтобы сделать нормальную структуру БД, зато потом работаете с БД "правильно" а не путем применения специфических функций (выходящих за рамки стандарта SQL 2008 (обычно хватает стандарта 92-го года))...
Вот триггер:
CREATE TRIGGER wc_terms_unique_slug
BEFORE INSERT ON wc_terms FOR EACH ROW
BEGIN
declare
countDoubles int;
select count(*) into @countDoubles from wc_terms
where slug = NEW.slug or slug REGEXP CONCAT('(^', NEW.slug, ')([\-])([0-9]+)$');
if(@countDoubles > 0) then
SET NEW.slug = CONCAT_WS('-', NEW.slug, @countDoubles + 1);
end if;
END;
После его создания делаете обычные insert-ы (без ON DUPLICATE KEY)