Сложно:
Вынести общий код в отдельный проект и произвести дочерние crm-ки
Геморно/тупиково:
Слить проекты в один с "условной компиляцией" - включением той или иной функциональности по флагу
Правильно:
Оставить как есть: иногда - это ведь не всё время, работает - не трогай.
Съэкономленное время потратить с пользой ))))