Скорее всего придется писать вспомогательный скрипт на удобном для вас языке.
У вас все данные для этого есть: таблица changelog и файлы в папке deltas.
Все что нужно — это сравнить эти два списка (задача вспомогательного скрипта), для разницы выполнить задание dbdeploy и затем exec и выполнением суммарного undo скрипта.
