Что бы не было бардака нужно все строго разделить. Роутинг, dhcp и вообще все что будет связанно с сетью должно управляться с роутера, никаких сторонних ПО для dhcp на сервере и т.д. Все это и много другое может Mikrotik. DNS - думаю подразумевается работа с Active Directory, если да, то тут через добавление ролей и компонентов на windows сервере или как велосипедная альтернатива samba4 на linux сервере.
Безопасность, фильтрация, мониторинг, оптимизация это уже отдельные разговоры о которых долго писать/говорить. т.к тут нужен отдельный подход к конкретной ситуации. Суть такова, что не бывает так скажем эталона правильности организации ИТ-инфраструктуры предприятия. Если остались вопросы пиши в скайп, расскажу покажу.
