1. На все компьютеры антивирус
2. Ограничить всех пользователей в правах (Никаких админов)
3. Настраиваете прокси сервер с проверкой на вирусы. Всех в интернет только через прокси
4. На почтовом сервере (надеюсь он у вас есть?) настраиваете проверку всех писем на вирусы и спам.
5. На файрволе запрещаете все, кроме... "тут идет список то что можно"...
Как-то так.
На счет "нехватает прав для запуска программ" - такого не бывает. Значит что-то не так делаете. Нужно просто взять и разобраться
