Мне удалось решить проблему с артефактами, когда я сделал одинаковое количество кадров в секунду (fps) в композиции и используемом видеофайле. В композиции было установлено 25 кадров/сек, а исходник был 30 кадров/сек. Исходник переконвертировал в 25fps и проблема исчезла.
