Повлияет ли на сео такой "трюк"?
Нет потому что поисковики не представляются как IE
хочу на php делать проверку
Плохая идея, лучше на JS
Если такое реализовывать какой код лучше использовать
301 редирект
Может есть какое-то другое решение ?
Нормально переверстать. IE 10 очень многое позволяет, это вам не IE6 в конце концов ))